员工自离一般情况下有工资，但公司克扣也合理。法律依据：《劳动法》规定，员工自离有工资，但公司也可克扣工资。未提前30日书面通知单位，公司可按规定处理。若未及时通知，公司可能按自离处理，不发工资或处以罚款。
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自离工资问题处理：1. 尝试与公司协商，说明自离原因，争取理解，获取应得工资。2. 协商无果，可寻求第三方调解机构帮助调解。3. 调解不成，向劳动仲裁委员会申请仲裁。4. 对仲裁结果不服，可向法院提起诉讼。
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遇到此类工资纠纷，常见处理方式为协商、调解、仲裁或诉讼。首先应与公司协商；协商不成可申请调解；调解不成可申请仲裁；仲裁不服可提起诉讼。法律依据同上，根据纠纷情况，选择合适方式处理。